Le plateau de génomique apporte une expertise dans les techniques de séquençage de 2ème (Illumina - Miseq) et 3ème (Oxford Nanopore Technologies - MinION) générations. Ce plateau est intégré dans la Plateforme de Sécurité Sanitaire d'Evreux (PS2E).

- gestion des échantillons et extraction des acides nucléiques.

- préparation et contrôle qualité des librairies de séquençage.

- monitoring des runs de séquençage et gestion des données.

Il propose également un appui en analyses bioinformatiques et biostatistiques des grands jeux de données biologiques :

- stockage et calcul haute performance.

- études génomiques, métagénomiques, transcriptomiques, protéomiques et métabolomiques.

- approches phylogénétiques/phylogénomiques.

L'ensemble de ces compétences/applications est exploité dans le cadre de collaborations ou de prestations de service : les services du plateau sont accessibles aux membres de l’Unité de Recherche CBSA, mais également aux extérieurs (académiques et industriels). Il participe au montage, à la réalisation et au suivi des projets à thématique "génomique".

Le plateau de génomique est composé d’un ingénieur de recherche (Amine BOUKERB, bureau i116 du bâtiment CSSN). Pour toute information : amine.boukerb@univ-rouen.fr

Références de publication

[1] H. Cuny, C. Offret, A.M. Boukerb, L. Parizadeh, O. Lesouhaitier, P. Le Chevalier, C. Jegou, A. Bazire, B. Brillet, and Y. Fleury, Pseudoalteromonas ostreae sp. nov., a new bacterial species harboured by the flat oyster Ostrea edulis. Int J Syst Evol Microbiol 71 (2021).

[2] M. Clabaut, A.M. Boukerb, A.B. Mlouka, A. Suet, A. Tahrioui, J. Verdon, M. Barreau, O. Maillot, A. Le Tirant, M. Karsybayeva, C. Kremser, G. Redziniak, C. Duclairoir-Poc, C. Pichon, J. Hardouin, P. Cosette, S. Chevalier, and M.G.J. Feuilloley, Variability of the response of human vaginal Lactobacillus crispatus to 17beta-estradiol. Sci Rep 11 (2021) 11533.

[3] A.M. Boukerb, M. Simon, E. Pernet, A. Jouault, E. Portier, E. Persyn, E. Bouffartigues, A. Bazire, S. Chevalier, M.G.J. Feuilloley, O. Lesouhaitier, J. Caillon, and A. Dufour, Draft Genome Sequences of Four Pseudomonas aeruginosa Clinical Strains with Various Biofilm Phenotypes. Microbiol Resour Announc 9 (2020).

[4] O. Baccouri, A.M. Boukerb, L.B. Farhat, A. Zebre, K. Zimmermann, E. Domann, M. Cambronel, M. Barreau, O. Maillot, I. Rince, C. Muller, M.N. Marzouki, M. Feuilloley, F. Abidi, and N. Connil, Probiotic Potential and Safety Evaluation of Enterococcus faecalis OB14 and OB15, Isolated From Traditional Tunisian Testouri Cheese and Rigouta, Using Physiological and Genomic Analysis. Front Microbiol 10 (2019) 881.